学院是由原呼伦贝尔蒙医学校、原呼伦贝尔市民族艺术学校、原呼伦贝尔工业学校、原内蒙古大兴安岭卫生学校四所中等职业学校进行整合组建而成。2008年7月17日经内蒙古自治区教育厅批准开始筹建。2009年9月26日，内蒙古自治区教育厅批准正式成立呼伦贝尔职业技术学院，报教育部备案。2010年9月招收首届大专生并正式运行。2015年4月3日，经呼伦贝尔市政府市长办公会议决定，原呼伦贝尔职业技术学校并入学院。